除彭水污水處理廠將于2010年建成外，其余納入《三峽庫區及其上游水污染防治規劃》的重大項目均按期建成投用，基本實現了全市縣城以上城區污水、垃圾處理全覆蓋。2009年我市城市污水處理率達76%，城市垃圾處理率達89%，“三江”干流8個國控斷面水質全部達到II類以上水質標準，按期實現了原規劃的項目建設和水質控制目標。
納入《三峽庫區及其上游水污染防治規劃（修訂本）》（以下簡稱《規劃（修訂本）》）的城市和小城鎮污水垃圾處理158個項目、8條次級河流綜合治理項目，除萬州生活垃圾處理二期工程、三峽庫區以及影響區污泥處理項目外，已全部完成市級審批程序，并上報國家審批，部分項目獲得國家投資補助，其余項目已通過國家審查。爭取國家安排三峽庫區水污染防治規劃項目專項2.59億元，2008年開工的污水、垃圾處理項目和次級河流污染綜合治理項目中央補助資金全部到位，保證了項目建設資金需求。建成了南岸區茶園、渝北區肖家河擴建等2座污水處理廠，墊江縣、酉陽縣垃圾處理場和唐家沱污泥處理中心，新增污水處理能力4萬噸/日，垃圾處理能力310噸/日，污泥處理能力240噸/日；開工建設了北部新區（九曲河）、雞冠石三期擴建、云陽城北、萬州陳家壩、涪陵李渡大耍壩污水處理項目和主城區第二座垃圾焚燒發電廠、雞冠石污泥處理中心以及29小城鎮污水和垃圾處理項目；梁灘河、苧溪河污染綜合整治項目加快推進，瀨溪河、桃花河、小安溪河綜合整治項目生活污染治理工程順利開工。
抓住國家擴大內需的機遇，加強銜接匯報，在三峽庫區水污染防治規劃以外，2009年落實污水和垃圾處理治理資金2.26億元，建成了3個小城鎮污水處理項目；建設了主城區和影響區13個污水管網項目（共計284公里）及16個區縣城市垃圾收運系統擴建項目（含蓋116個小城鎮），其中：7個污水管網項目和10個城市垃圾收運系統擴建項目已建成。萬州區醫療廢物處置項目已上報國家發展改革委安排補助資金。
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