3月下旬，省環保廳公示《云南省高原湖泊水污染綜合防治“十二五”規劃》，為“十二五”期間相關湖泊保護，制定了科學依據和目標。
一、撫仙湖——全湖平均水質保持I類
撫仙湖水環境質量狀況：近年來，撫仙湖水體營養水平持續增高，來自農田面源、農村污水、畜禽糞便的污染增多。撫仙湖水污染綜合防治七大類工程總計將投入46.42億元資金。
“十二五”治理規劃目標：到2015年末，撫仙湖全湖平均水質穩定保持地表水I類；經治理之后的7條主要入湖河流入湖河口斷面水質達到IV類；產業結構調整控污減排措施后，結構性的污染物產生量明顯下降；建立湖泊生態環境保護與管理的體系，流域生態環境有所改善。
二、洱海——重點防治蒼山十八溪
洱海水環境質量狀況：洱海流域水體處于富營養化初期水平，在局部湖灣（尤其北部湖灣）、下風帶岸邊每年可見藻類水華發生。洱海流域污染負荷主要來源于農村生活污染、畜禽養殖污染、農田面源污染、城鎮生活污染等。
“十二五”治理規劃目標：通過對洱海污染影響重點區實施全面治理以及流域管理，確保全湖水質穩定達到Ⅲ類水質標準，力爭達到Ⅱ類水質標準。以北部三河彌苴河、蒼山十八溪小流域為重點污染防治區，開展區域產業結構調整、重點污染源系統治理、低污染水凈化體系建設、入湖河流清水產流體系建設。加強流域管理，開展生態文明體系建設。
三、杞麓湖——紅旗河和中河水質要達V類
杞麓湖水環境質量狀況：主要污染源為農村生活污水和農田面源污染。水體總磷與總氮濃度居高不下，呈中度富營養化狀態。水體高錳酸鹽指數也相當高，水質為劣V類。沉水植被大量消亡，生態功能逐步喪失。
“十二五”治理規劃目標：大幅度削減入湖污染負荷。到2015年末，總體水質穩定達到地表水V類，力爭達到IV類。主要入湖河流紅旗河和中河水質主要指標達到地表水V類。
四、瀘沽湖——旅游污染源消減八成
瀘沽湖水環境質量狀況：湖泊水質總體保持優良，但主要入湖河流水質受到一定程度污染。旅游污染成為流域主要的污染源。沿湖截污治污體系尚不完善。流域陸地生態系統脆弱，水土流失問題不容忽視。農村農業面源一直是流域重要的污染來源，村落污水收集設施落后、治理工程單一。湖濱緩沖帶土地利用結構不盡合理，湖濱帶建設滯后且不成規模，近岸帶生產生活的污染壓力突出。
“十二五”治理規劃目標：到2015年末，瀘沽湖水體水質穩定保持地表水Ⅰ類水質目標，主要入湖河流達到地表水Ⅱ類水質目標。旅游及旅游接待地污染源全面削減轉移至外流域，削減率達到80%以上。農村農業面源污染負荷排放量消減30%以上，水土流失率減少10%以上。
五、星云湖——沿湖壩區家畜養殖糞便要資源化
星云湖水環境質量狀況：營養狀態呈現急劇上升趨勢，入湖污染物主要來自農田徑流污染、畜禽糞便污染、農村生活污染等。
“十二五”治理規劃目標：到2015年末，水質下降趨勢得到明顯遏制，水質與水生態逐步得到改善，最終達到V類，力爭達到Ⅳ類水平。對沿湖壩區家畜養殖糞便污染、沿湖村落“兩污”實施處理與資源化利用，使流域重點污染源及環湖污染基本得到控制。對主要入湖河流實施全面整治，河流水質污染基本得到控制，大幅削減入湖污染負荷量。對星云湖藍藻水華與“內負荷”進行控制。建立一套湖泊流域生態環境綜合管理體系，實現流域科學化、全面化的管理與保護。
六、陽宗海——降低水體砷濃度仍是重點
陽宗海水環境質量狀況：湖水水質為Ⅳ類，主要超標項目有總磷和砷。2010年主要入湖河流的水質均為Ⅴ類，流域農業面源污染和工業污染帶來的污水是污染物的主要來源。
“十二五”治理規劃目標：嚴格控制旅游和工業污染，大幅降低農業面源污染。通過科學有效的措施，進一步降低湖泊水體砷污染物濃度和陸域砷污染源的擴散影響。到2015年末，陽宗海的水質穩定在Ⅲ類，力爭達Ⅱ類，主要入湖河流穩定保持Ⅲ類或以上。
七、程海——水體保持在中營養型
程海水環境質量狀況：水體污染物主要來源于農業生產和農村生活，其次是城鎮污染，工業污染最少。2010年營養狀態指數平均值為43.2，處于中度營養狀態。
“十二五”治理規劃目標：到2015年，主要污染物排放得到有效控制，生態環境明顯改善，程海湖水質除PH、F離子外，其余指標穩定保持在地表水環境質量Ⅲ類水質標準，爭取達到Ⅱ類標準。營養化水平穩定保持在中營養型。
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