雖然國家出臺了不少文件，但在海綿城市建設過程中，地方還是遇到了一些困難。比如，不少地方的海綿城市建設辦公室隸屬于當地建委，但海綿城市建設工作涉及住建、水利、環保等多個部門，協調工作尤為重要。
為此，南寧市按照“精簡、統一、效能”的原則，圍繞海綿城市建設進行了機構調整。今年3月，南寧市成立海綿城市與水城建設工作領導小組，組長由南寧市委、市政府兩位一把手直接擔任，來自建委、環保、規劃部門的分管領導也分別在領導小組辦公室兼任職務。
南寧市海綿城市與水城建設工作領導小組辦公室副主任劉東介紹說，目前領導小組辦公室形成了統籌安排、指導督促、協調解決和推進的工作機制，制定了聯席會議、專題會議、例會三級會議制度，并對海綿城市建設項目進行跟蹤督辦。“領導小組辦公室從各部門抽調精英組成，在編制困難的情況下，今年辦公室還是增加了10個人。”他說。
“這說明，海綿城市建設涉及的部門并不是單個部門或一個工程，也可以看出政府對這項工作的重視。” 南寧市海綿城市與水城建設工作領導小組辦公室高級工程師秦德全告訴記者，他就是從華南設計研究院抽調過來的。
據介紹，由于海綿城市建設試點工作在去年剛開始，國家層面的技術體系還不夠完善，試點城市大多是邊摸索邊實踐。
針對海綿城市建設國家規范標準不完善的情況，南寧市大膽探索建設技術標準及規范等規劃建設技術體系。在國家標準出臺前，南寧市已經出臺了《南寧市海綿城市規劃設計導則》、《廣西低影響開發雨水控制及利用工程設計標準圖集》等技術標準規范，保證了項目及時落地。
秦德全說：“在海綿城市建設過程中，舊城海綿化改造是一大難題。以前的城市建設理念是雨水快排，導致硬化路面建設多，現在要全部進行海綿化改造不現實。”
根據住建部“舊城改造以問題為導向”的要求，南寧市確定了指標平衡的改造方案。即在海綿城市建設示范區內，公園綠地的海綿化指標設定較高，舊城區稍低一些，但兩方面平均后可達標。
據南寧市海綿城市與水城建設工作領導小組辦公室的蒙金城介紹，“結合目前實施的項目，南寧市探索了公園綠地、公共建筑、居住小區、道路立交和內河生態修復等多種類型的海綿化做法模式。”
根據《關于開展中央財政支持海綿城市建設試點工作的通知》中的規定，中央財政對海綿城市建設試點給予專項資金補助，具體補助數額按城市規模分檔確定，直轄市每年6億元，省會城市每年5億元，其他城市每年4億元。對采用PPP模式達到一定比例的城市，將按上述補助基數獎勵10%。
據此，南寧市每年可獲得5億元專項資金補貼。但由于劃定的示范區域面積較大，專項資金無法完全覆蓋，南寧市同樣面臨資金困難。因此，南寧市積極探索推行PPP投融資模式。
比如，南寧那考河項目就是用流域治理理念建設的PPP項目，海綿連片化建設避免了河道治理與流域環境的割裂問題。項目總投資規模約11.9億元，南寧北排公司作為項目業主，建設期兩年，運營期8年。項目采用設計——建造——融資——運營一體化的運作方式，以治理效果作為付費依據。
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