目前，很多地區的農村環境整治試點工作正在陸續從建設向運營管理過渡。確保設備長期穩定運行，防止設備“曬太陽”，成為欠發達地區面臨的主要問題。
就農村污水處理設施而言，其運行主要存在兩個問題：
一是滿負荷運轉的資金難承受。以蘇北某鄉鎮一個小型污水處理廠為例，由于資金有限，加上附近村民的生活污水達不到滿負荷運行。目前，這個污水處理廠每年的運行成本縣財政還能承受。但如果隨著鄉鎮中心村人口增加，污水達到滿負荷處理，那么對于欠發達地區鄉鎮來說，污水處理廠一年的費用很難承受。
二是維護經費難保障。污水處理廠建設是政府出資，但后期的運行和管理卻需要地方自己想辦法。目前，除少數縣將運行管護經費納入財政預算外，大部分僅有很少的補助經費，不能滿足正常運行的需要。
環保設施屬于三分建設、七分管理，必須通過政策支持、機制創新、管理驅動等方式完善建設和管理。惟有如此，才能實現農村環境連片整治的目標。
一要強化政策支持力度。建議出臺農村環境連片整治項目基本建設程序實施辦法、連片整治項目技術標準和規范、設立成熟技術項目庫等。在資金撥付時間上，應由建設前期向建設后期轉變。在建設后期，對地方進行資金補助；在驗收期，對項目進行質量、資金評價，按一定比例給予補助；在運行期，結合日常督察運行情況和運行成本，適當給予補助。
二要創新資金籌集機制。按照誰投資、誰受益的原則，各地要建立政府主導、市場運作、社會投資的鄉鎮污水處理廠運行維護模式。可采用3種模式：一是由縣政府組建水務集團，統一負責城鎮和農村地區自來水供應和鄉鎮污水處理廠的運行維護工作；二是由縣政府組建城鄉污水處理設施運營公司，負責城市、鄉鎮和農村生活污水處理設施運行維護；三是由縣政府或住建部門聘請具有環境污染治理設施運營資質的公司，統一管理農村生活污水處理設施。對市場化運行的污水處理廠，住建部門應當依法與運營單位簽訂維護運營合同，根據環境保護主管部門對城鎮污水處理設施出水水質和水量的監督檢查結果，核定城鎮污水處理設施運營服務費。
三要適時征收村鎮污水處理費。各級物價、住建、財政等部門要研究制定村鎮污水處理收費政策，指導各地建立與農村經濟社會發展水平相適應的污水處理收費制度。在建有污水處理廠的鄉鎮范圍內，對向污水處理廠管網排放污水的用水戶，適時征收污水處理費，收費標準授權各縣（市、區）政府制定。各地要結合自身實際，逐步將村鎮污水處理費標準調整到保本微利水平；調整不到位的，政府財政要給予補貼。鼓勵農村（社區）集體收入補貼污水處理設施運行經費，采用一事一議政策解決部分資金問題。
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