將行政調解引入化解環境污染糾紛的方法之中，其核心就是要求環境保護行政機關或其他依法行使環境監督管理權的部門在緩和環境污染糾紛矛盾上發揮能動作用，依照有關環境保護等法律，在糾紛雙方自愿的基礎之上，以第三人身份居間對環境污染糾紛進行調解。
行政調解的本質是調解。環境污染糾紛中的行政調解雖然存在行政機關的介入，但行政調解并不是具有法律強制力的，也不能以介入調解的環境行政機關為對象進行行政復議和行政訴訟。
行政調解的最終結果是促成環境糾紛方在平等自愿的基礎上達成解決爭議的協議，這種協議效力的依據是《中華人民共和國合同法》，也就是說，如果環境糾紛方違反調解協議，將會產生合同法上的違約責任，遵守調解協議的無過錯方最終還是可以通過法院訴訟的方式來確保協議內容得到實現。
環境污染糾紛的化解方式主要有非正式和正式兩種表現形式。
非正式的途徑眾多，私力救濟包括媒體曝光、圍堵污染企業、上訪等等，這些行為往往導致矛盾激化，且解決方式隨機而定，不利于統一、有效、合法的模式形成。
而比較正式的途徑則主要包括行政裁決和以法院為中心的司法訴訟制度。行政裁決是環境保護行政機關行使職權的具體行政行為，其最終也要受到司法訴訟監督。而司法訴訟程序則要求嚴格，存在較長的周期，這將嚴重拖延環境糾紛的化解速度；糾紛各方對簿公堂，存在較強的對抗性，這使得各方容易陷入激烈沖突的狀態。上述方式可能激化環境糾紛帶來的矛盾，使問題變得更加復雜，加大化解環境糾紛的阻力。
行政調解在化解環境污染糾紛上則存在其他解決方式無可比擬的優勢。
第一大優勢就是效率。行政調解程序靈活多變，時間地點都可以靈活掌握，這尤其符合環境污染糾紛的復雜性要求，能夠確保調解協議得到高效落實。
第二大優勢是專業性。環境保護行政機關在處理環境問題上具有專業知識水準，掌握在資料、信息和設備上的優勢，對污染原因的查明和污染責任的認定具有成熟的理論和實踐經驗。
第三大優勢是物質成本低。環境保護行政機關進行行政調解是依法履行其職責，全部過程不得收取任何費用，其高效實際上也節約了時間成本，不影響糾紛方的生產和生活。
第四大優勢是和諧解決問題。在環境保護行政機關的參與下，環境糾紛各方心平氣和地坐在一起，不僅能在物質賠償上達成相應的履行協議，也使得環境糾紛之初產生的緊張沖突情緒可以被化解。
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