環(huán)保部門的尷尬地位有著眾多主客觀方面的歷史和現(xiàn)實原因，為確保其早日走出尷尬與困境，今后重點是要做好如下幾方面的工作：
一是更新簡單地“以GDP論英雄”的陳腐理念。按照2013年12月中組部《關于改進地方黨政領導班子和領導干部政績考核工作的通知》要求，將環(huán)境成本、資源消耗和生態(tài)效益納入政府政績考核范圍，建立生態(tài)綠色的考核評估和人事選拔制度，設立生態(tài)建設鑒定評估專業(yè)機構。當前，最重要的是要建立科學的生態(tài)文明建設指標體系。
二是以環(huán)保為指針，優(yōu)化各項決策，并加大政府及其職能部門違法或不當決策的法律責任。當前，最重要的是健全和強化關于政策、規(guī)劃的戰(zhàn)略環(huán)境影響評價制度，建立環(huán)保專家咨詢制度，加大對行政決策的環(huán)保引導和制度約束，從源頭上防止和減少危害環(huán)境質量的不當乃至錯誤決策發(fā)生。
三是健全和完善環(huán)境信息公開制度，擴大信息公開的范圍，規(guī)范信息公開的程序，規(guī)定違反信息公開的法律責任和救濟機制等。陽光是最好的防腐劑，有關環(huán)境的政府行政決策和企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營信息的公開透明，不但有利于對政府和企業(yè)形成良好的環(huán)保自我約束，而且也是確保公眾切實參與環(huán)境保護的前提和基礎。
四是健全和完善公眾參與環(huán)境行政決策的制度，建立由信息獲取機制、利益表達機制、利益凝聚機制、決策商談機制和矯正救濟機制等組成的參與機制體系，不斷提升公眾參與的廣度、深度、水平和效力，增強公眾對環(huán)境行政決策的認同感和支持度，減少政府和公眾之間的沖突。當前，最重要的是要切實保障環(huán)境影響評價制度實施中的公眾參與。
五是掃除體制和機制上的障礙，增強環(huán)保部門職權的權威性和工作的高效性，促使環(huán)保部門成為生態(tài)文明建設的引領者、推動者和實踐者。其一，理順黨政之間的權責關系，確立各級黨委的責任，建立黨政同責、一崗雙責、齊抓共管的黨政體制。其二，需以綜合生態(tài)系統(tǒng)管理原理為依據(jù)，建立統(tǒng)管氣、水、土、海等污染防治活動的大環(huán)保部，組建統(tǒng)管山、水、田、林、草等生態(tài)保護活動的生態(tài)部。其三，開展省以下垂直管理的體制改革試點，減少地方政府對環(huán)保部門的不當干預和負面影響。其四，在權力配置上予以大膽變革，賦予環(huán)保部門“按日計罰”、查封、扣押、責令停產(chǎn)等權力，強化環(huán)保部門的行政執(zhí)法權。其五，設立高級別的環(huán)保協(xié)調機構，建立環(huán)保部門和其他部門的聯(lián)合執(zhí)法機制，加強部門之間的協(xié)作和銜接。其六，加強非環(huán)保部門職權運行機制的生態(tài)化，尤其是強化自然災害防治和緊急事故（如安全生產(chǎn)事故、交通事故）應急處理的生態(tài)化，杜絕在處理其他事件的過程中由于措施不當而釀發(fā)不必要的環(huán)境事件。
六是完善環(huán)境行政復議和行政訴訟制度，特別是切實建立環(huán)境公益訴訟制度，加強權利對權力、司法對行政的監(jiān)督和制約。修訂中的《環(huán)境保護法》應規(guī)定：“對污染和破壞環(huán)境等損害公共環(huán)境權益的行為，有直接環(huán)境利害關系的公民、依法登記的環(huán)保組織以及有管轄權的環(huán)保行政機關可以向人民法院提起訴訟。其他主體在合理期限內沒有起訴或者確實存在其他必要情形的，檢察機關也可直接提起訴訟。”(作者供職于北京林業(yè)大學生態(tài)法研究中心)
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