隨著龍崗河、觀瀾河、坪山河“三河”治污取得階段性成果，茅洲河已逐步成為深圳河流治污的主戰場。據介紹，茅洲河中上游干流綜合治理工程計劃投資19.3億元，整治河道14.4公里，每公里耗資超過1億元。
如今的茅洲河已經成為深圳污染最嚴重的河流，這條河的綜合治理也被列入今年廣東省環保廳、省監察廳重點掛牌督辦的十大環保問題。據介紹，深圳計劃投入19 .3億元，治理河道14 .4公里，包括沿河截污、清淤、河岸生態化改造等。
記者了解到，茅洲河治污所需經費還不止于河道治理，污水處理廠配套的支干管網工程同樣是筆巨額支出。據悉，目前僅已建沙井、燕川、光明污水處理廠的配套支管網缺口即達526公里，按每公里管網約500萬元計算，需要投入26 .3億元。
與此同時，支干管網不配套也是茅洲河治污的瓶頸性難題，由于沒有管網收集污水，很多污水處理廠都不能物盡其用。以光明污水處理廠為例，該廠設計日污水處理能力達15萬噸，平時只能處理污水約9萬噸。目前，茅洲河流域內污水處理總量每日約45萬噸，遠小于污水產生量每日77萬噸。
茅洲河全長46公里，流經石巖、公明、光明、松崗、沙井五個街道。其中光明新區段長約14公里，新區境內共有支流13支。根據新區環境監測站2013年6月至7月對茅洲河干流、支流部分點位的采樣分析結果，劣于地表水V類標準。
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